ในวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2418 จักรพรรดิถงจื้อเสด็จสวรรคตโดยไม่มีพระราชโอรส จึงทำให้ต้องมีการเลือกฮ่องเต้พระองค์ใหม่ ซึ่ง พระพันปีหลวงฉืออัน เลือก พระโอรสของเจ้าชายกง เป็นจักรพรรดิพระองค์ใหม่ แต่พระนางซูสีไทเฮาผู้มีอิทธิพลในราชสำนักเหนือกว่าพระนางซูอันไทเฮาในขณะนั้นได้เลือก เจ้าชายไจ้เทียน (สมเด็จพระจักรพรรดิกวางสูในอนาคต) พระโอรสเจ้าชายชุนที่ 1 ซึ่งการเลือกองค์ชายไจ้เทียนเป็นจักรพรรดิพระองค์ใหม่ โดยมี พระพันปีหลวงฉืออันและ พระพันปีหลวงฉือสีป็นผู้สำเร็จราชการร่วมกัน

วันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2424 ระหว่างทรงออกขุนนางตอนเช้า พระพันปีหลวงฉืออันทรงรู้สึกไม่สบายพระองค์ จึงเสด็จกลับพระราชฐาน และเสด็จสวรรคตในบ่ายวันนั้น การทิวงคตโดยปัจจุบันทันด่วนของพระพันปีหลวงฉืออันสร้างความตื่นตะลึงแก่ประชาชนทั่วไป เพราะพระสุขภาพพลานามัยของพระนางอยู่ในขั้นดียิ่งยวดเสมอมา แต่ข่าวลือแพร่สะพรัดทั่วไปในจีนว่า เป็นพระพันปีหลวงฉือสี่ ที่ทรงวางพระโอสถพิษแก่พระพันปีหลวงฉืออัน ว่ากันว่า เพราะพระพันปีหลวงฉืออันทรงถือพระราชโองการจากสมเด็จพระจักรพรรดิเสียนเฟิงให้มีพระราชอำนาจสั่งประหารพระพันปีหลวงฉือสี่ได้ หากว่าพระนางทรงก้าวก่ายการบ้านการเมือง หรือมีพระราชวิสัยไม่เหมาะสมอย่างไร อย่างไรก็ดี ข่าวลือดังกล่าวยังไร้หลักฐานยืนยันข้อเท็จจริง และนักประวัติศาสตร์ไม่ยอมรับอย่างเต็มร้อยในเรื่องการวางพระโอสถพิษดังกล่าว แต่สันนิษฐานกันว่า พระพันปีหลวงฉืออันประชวรพระโรคลมปัจจุบัน โดยอ้างอิงบันทึกทางการแพทย์ที่ปรากฏอยู่ในเอกสารทางประวัติศาสตร์สมัยนั้น การสิ้นพระชนม์ของพระพันปีหลวงฉืออัน ส่งผลให้พระพันปีหลวงฉือสี่ทรงเป็นผู้บริหารราชการแผ่นดินแต่เพียงผู้เดียวอย่างเต็มพระองค์

พระพันปีหลวงฉืออันทรงได้รับการเฉลิมพระนามหลังเสด็จสวรรคตแล้วว่า "สมเด็จพระจักรพรรดินีเสี้ยวเจินฉืออันยู้ชิ้งเหอจิ้งเฉิงจิ้งอี้เทียนโจ้วเชิ้งเสี่ยน" (จีน: 孝贞慈安裕庆和敬诚靖仪天祚圣显皇后; พินอิน: Xiào Zhēn Cí Ān Yù Qìng Hé Jìng Chéng Jìng Yí Tiān Zuò Shèng Xiǎn) เรียกโดยย่อว่า "สมเด็จพระจักรพรรดินีเซี่ยวเจินเสี่ยน" (จีน: 孝贞显皇后; พินอิน: Xiào Zhēn Xiǎn) ทั้งนี้ พระศพพระพันปีหลวงฉืออันได้รับการบรรจุ ณ สุสานหลวงราชวงศ์ชิงฝ่ายตะวันออก (จีน: 清东陵; พินอิน: Qīngdōnglíng, ชิงตงหลิง) ห่างจากกรุงปักกิ่งไปทางตะวันออกเป็นระยะทางหนึ่งร้อยยี่สิบห้ากิโลเมตร เคียงข้างกับพระศพของพระพันปีหลวงฉือสี่และจักรพรรดิเสียนเฟิง